ci sono essenzialmente vari metodi per fare quello che chiedi
(in versione "niubbo").
bisogna cominciare a far attenzione a non spostare solo i db myisam, ma anche quelle innodb, dipende da come è stato installato se sono sottocartelle una dell'altra
lo puoi capire così
codice:
mysql> show global variables like '%data%';
+----------------------------+------------------------+
| Variable_name              | Value                  |
+----------------------------+------------------------+
| character_set_database     | latin1                 |
| collation_database         | latin1_swedish_ci      |
| datadir                    | /var/db/mysql/         |
| innodb_data_file_path      | ibdata1:10M:autoextend |
| innodb_data_home_dir       |                        |
| max_length_for_sort_data   | 1024                   |
| myisam_data_pointer_size   | 6                      |
| skip_show_database         | OFF                    |
| updatable_views_with_limit | YES                    |
+----------------------------+------------------------+
9 rows in set (0.00 sec)
lì vedi che la cartella dati è /var/db/mysql, e che innodb_data_home_dir è vuota (ossia i file ibdata sono dentro /var/db/mysql, la cosa non è scontata)

ATTENZIONE quelli sono percorsi BSD, NON linux, ovviamente dovrai considerare i tuoi!

1) fermare il server mysql, copia la cartella dati dove vuoi (destinazione); riavvia il server mysql, cambia il percorso dei dati (da mysql); ferma il server, cancella la vecchia cartella, riavvia il server


2) ferma il server mysql; sposta la cartella dove vuoi; cambia il percorso dei dati nel file my.cnf (.ini su windows), riavvia il server mysql

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3) come 2) ma usando un link anzichè una cartella "fisica"
questo rende più semplice caricare db di servizio (ti basta alterare il link)
Sostanzialmente se usi tabelli myisam puoi lasciare il percorso dati come normale, MA mettendo un link al nome del db "da qualche altra parte".
tanto per capirci uno schema super_antani si trova... nella cartella /var/db/mysql/super_antani

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E, per finire, attenzione ai diritti sulle cartelle, devi usare chown per renderle leggibili-scrivibili a mysql / all'utente / gruppo che usa il server.
Tutto chiaro?