Allora innanzi tutto per prendere valori da un form e quindi da una checkbox gli devi dare il nome (name=".."), per poi sapere che valore andare a prendere.
non sò se lo sai già ma nel form devi mettere method="post" (la differenza tra GET E POST spero la saprai).
Se il form è indirizzato ad un'altra pagina (action ecc) nell'altra pagina recuperi quello che lui ha selezionato tramite
<php>
$tua_variabile=$_POST['nome dell' input'];
</php>
(il nome è quello che ti dicevo prima)

e ora ce l'hai poi per inserirlo nel database ci sono le query ad esempio
per inserire record
<php>
$insert=mysql_query("INSERT INTO tuo_database (campo1,campo2,campo3) VALUES ('valore campo1','valore campo2','valore campo3')");
</php>
Spero di aver azzeccato quello che chiedevi

ciao