Le join si usano in fase di select mentre tu effettui una select ed un'update. Comunque mi sembra di capire che devi solamente aumentare di 50 il punteggio dell'utente ID.
Non l'ho provato ma vedi se funziona:

Codice PHP:
$updateSQL = "UPDATE punteggio SET punteggio = ( punteggio + 50 ) where id='".$utente['id']."'"; 
In pratica sostituisci quest'unica query al posto delle 2 che attualmente esegui.
Ovviamente il campo punteggio deve essere int.