1) queste 60 "scelte" come sono generate?
sono statiche o dinamiche? Per dinamiche intendo: hai una tabella mysql che le genera?

2) di questi dati cosa ne devi fare (oltre ad un ovvia stampa a video)?
ad esempio poniamo il caso che tu voglia estrarre tutti gli utenti che hanno dato una certa risposta... in tal caso dovrai fare una query SELECT su una tabella opportunamente creata.

3) che tipo di risposte sono? boleane (si/no, vero/valso) o multiple?

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per la gestione del tutto io creerei 4 tabelle
- utenti (penso che già l'hai creata)
- caratteristiche: in cui salvo la lista delle "domande"
- risposte: la lista delle possibili risposte per ciascuna categoria (dato che viene gestito con i checkbox significa che nn sussistono risposte "testuali"... anche se sarebbe gestibile anche questo...);
- risposte_utenti: che relaziona il tutto.

Vuoi una cosa casereccia? creati un campo di testo e salvati il serialize dell'array risposte generato dai checkbox;