iphone e ipad necessitano di una codifica audio/video H.264 con profilo baseline (o "low complexity")
ovvero di un file audio contenitore che di norma ha estensione .aac/.mp4/.m4a

altre info sulla codifica: http://diveintohtml5.org/video.html#h264

ci sono diversi convertitori in formato m4a, ad esempio handbrake.