Non è un problema.
E' solo che se apri il file in append lui ovviamente inserisce una newline alla fine del file e poi ti scrive la riga.
Se scrivi un'altra riga senza riaprire il file, non mette la newline e funziona.

Per fare quello che vuoi fare te, apri il file in scrittura normale ("w+") e vai alla fine del file con

codice:
fseek(puntatore_file, 0L, SEEK_END);
Poi scrivi la stringa.