Ho risolto il problema. Per chi fosse interessato era qui:
codice:
public String method1(){
     /*..............*/
    //chars array di caratteri non vuoto
    String output = "";
    for(int j=0; j<chars.length; j++){
	    output = output+chars[j];
    }
    return output;
}
In effetti i puntini sono cruciali, il problema e' nella costruzione dell'array chars che viene parzialmente riempito.
Bastava iterare invece che su l'intero array su il numero effettivo di caratteri presenti.