Potresti fare una cosa del genere:

codice:
    char line[LENGTH];
    FILE *file_out;

    ...

    while (fgets(line, LENGTH, stdin) != NULL) {
        fputs(line, file_out);
    }
con questo ciclo leggi il testo riga per riga e lo scrivi nel file. Per terminare la scrittura ti basta che la fgets() rilevi l'EOF che puoi ottenere con ctrl+z su Windows e ctrl+d su Linux.