Gli elementi si possono reperire solo dalla pagina che ha aperto la popup o, con qualche trucco, da altre pagine ma sempre appartenenti allo stesso dominio.

schema:
var w; // variabile globale

w = window.open('pagina.htm','nome_popup'); // l'apertura della popup

elemento = w.document.getElementById("parole"); // ... eccolo

Da altre pagine prima occorre generare un riferimento alla popup:

w = window.open('','nome_popup'); // non apro altra pagina, prendo il riferimento

Metti tu i controlli per gestire il caso che la popup sia stata nel frattempo chiusa