C'è poco da scegliere, dipende esclusivamente dalle relazioni esistenti tra le varie tabelle. Se la relazione è 1 : 1 allora puoi fare come hai detto, se la relazione è 1 : n allora hai bisogno di una tabella di relazione. Nel tuo caso, se un negozio si trova solamente in una regione, provincia, città ecc. alloora la relazione è 1 : 1 se invece un negozio (ad esempio una catena di negozi) possono trovarsi in più luoghi allora la relazione è 1 : n per cui hai bisogno di una tabella di relazione. Ad esempio nella tabella negozio hai id_r_citta e nella tabella r_citta avrai più id_negozio ciascuno associato ad un differente id_citta.