bstefano79 ti sta semplicemente dicendo che piuttosto che utilizzare una tabella negozio fatta in questo modo: id, regione_id, provincia_id, citta_id ecc...? Puoi utilizzare una struttura più semplice tipo: id, citta_id e relazionare la citta alla regione e provincia dato che edde saranno uniche per una determinzta città.
Come volevi fare tu, per ogni negozio dovevi inserire l'id citta, provincia, regione ecc, ma una perticolare città si trova sempre nella stessa regione e provincia.

Esempio:
citta
id nome
1 Roma

provincia
id nome
1 RM

regione
id nome
1 Lazio

id negozio id_citta id_regione id_provincia
1 Negozio1 1 1 1
2 Negozio2 1 1 1
...
n Negozion 1 1 1

In pratica per ogni negizio che si trova a Roma avrai sempre la stessa tripletta ripetuta.