Il problema è legato al fatto che l'eseguibile probabilmente non contiene un manifest compatibile con Vista/7 e quindi viene interpretato come "programma vecchio" (legacy).

Accedere in scrittura a un file in una cartella dove questo non è consentito (come quella dei Programmi, ad esempio) normalmente viene bloccato, mentre il tuo applicativo - per via di quanto detto sopra - viene sottoposto alla "virtualizzazione".

Leggi questo PDF per maggiori informazioni.

Per la creazione del manifest, vedi qui.

Ciao!