removeMovieClip() sul clip che la contiene.

Se il clip era posizionato fisicamente sullo stage non te lo cancella, ma c'è un trucco

codice:
tuoclip.swapDepth(tuoclip._parent.getNextHighestDetph()) //dandogli un livello positivo è come se fosse stato creato dinamicamente
tuoclip.removeMovieClip()

e dovrebbe andare