se con oggetti intendi metodi di funzioni, sì: sono funzioni

codice:
<script>

function foo(){
this.ciao=function(msg){alert(msg);}
}
var istanza=new foo();

var x='saluti!';
setInterval(function(){istanza.ciao(x)}, 3000)

</script>
ps setInterval si cancella non con clearTimeout ma con clearInterval - òa differenza è che setInterval continua ad eseguirsi all' intervallo dato in millisecondi, mentre setTimeout si esegue una volta sola (a meno che non cerchi di renderlo ricorsivo ma come ti dicevo è una prassi sconsigliabile, tanto più che hai setInterval per questo)