Non uso struts, ma per forza di cose i suoi custom tag producono del normalissimo html (o al massimo javascript) lato client, puoi verificare cosa viene prodotto nel tuo caso relativamente a quei checkbox e ispezionare con qualche tool lato client (es: firebug per firefox) sia i dati inviati sia le chiamate effettuate. Eventualmente posta lo stralcio di html generato anche qui.