Si ormai il tuo programma lo conosciamo a memoria

Come vuoi fare ... prima leggi ogni linea del file con getline, poi per ogni std::string contenente la riga del file, con una combinazione di std::string::find e std::string::substr splitti man mano la stringa e memorizzi i token nei file (anche se in quest'occasione secondo me sarebbe più comodo uno strtok(), ma se vuoi rimanere sul C++ ....).