Il problema di base, secondo la mia modesta opinione, è che fare una layout del genere risulta difficile coi css perché è concettualmente errato, ovvero è un ibrido tra un sito fluido ed uno fisso. Che senso ha lasciare quei due/tre elementi fissi? se io ho uno schermo da 30" e guardo il tuo sito l'header e il footer diventeranno delle striscioline che si perdono, se lo guardo con un 15" invece lo spazio dedicato al contenuto risulterà davvero esiguo in rapporto alla grandezza degli elementi fissi. Allora perché nn farlo completamente fluido, e dare un'altezza percentuale a header e footer, una larghezza percentuale al nav e così via?