mmmm....ti dico subito, Illustrator CS3 non ha alcun problema ad importare e addirittura gestire i livelli dei file psd, però l'importante è che stiamo parlando di software originale.
Se così non fosse, puoi dare la colpa proprio a quello.
Altrimenti prova ad aprire un nuovo file di Illustrator e collegare nuovamente il file psd o uno diverso, per vedere a che livello sta il busillis.