ciao,
il discorso è abbastanza complesso e comunque interessante.

Perl ha avuto il massimo del suo fulgore dal 1995 al 2000, forse al massimo fino al 2005.

Lo vedi bene qui:
http://www.tiobe.com/index.php/conte...pci/index.html

Il successo era dovuto al fatto che il web stava iniziando il periodo d'oro (che si protrae tutt'ora) e il Perl, in quanto linguaggio orientato a manipolare stringhe, ben si adattava alla produzione di pagine web.
In quel momento storico mancava un altro linguaggio che consentisse di fare le stesse cose.

Nel frattempo sono nati altri linguaggi adatti proprio a fare web e una serie di fattori (dovuti al linguaggio stesso) hanno offuscato il prestigio del linguaggio.

Tra questi inserirei prima di tutto il fatto che il supporto alla programmazione orientata agli oggetti è arrivata tardi, anzi tardissimo.
Quindi se è vero che in Perl5 si poteva comunque utilizzare la programmazione ad oggetti, questa era faticosissima.
Si può parlare di un vero supporto alla programmazione con oggetti solo con Moose, la cui prima versione stabile è - se non ricordo male - solo del 2010.

Java nasce con il supporto alla programmazione ad oggetti, anche se costruire siti web con delle JSP non è così facile (soprattutto se i siti web sono semplici).

Mentre la prima versione del "vero" PHP ad oggetti (il PHP5) è del 2003.

Al ritardo del linguaggio nel supportare la programmazione ad oggetti, devi poi aggiungere il ritardo e la delusione nel vedere che la nuova versione di Perl (Perl6, che è di fatto un nuovo linguaggio) non è ancora stata realizzata in maniera definitiva: lo sviluppo sta durando addirittura 10 anni!

A questo devi aggiungere una serie di valutazioni non proprio relative al linguaggio, ma alle preferenze dei webmaster:
Perl è molto flessibile, ma anche "idiomatico" e "contestuale", cambia significato a seconda del contesto e molti costrutti hanno un significato mnemonico.
Significa quindi che la curva di apprendimento è alta.
Questo non è esattamente ciò che il programmatore medio desidera.

Infine spesso la configurazione dei CGI, fatta dagli stessi webmatser, era insicura e si prestava a buchi di sicurezza: i webmaster attribuivano quindi la colpa delle loro manchevolezze (la corretta configurazione di un ambiente per supportare i CGI, il parsing dell'input, la gestione degli errori, ecc.) a delle debolezze del linguaggio. Cosa che invece è naturalmente errata.

Oggi con un archivio di moduli (CPAN) molto ampio e un supporto completo alla programmazione ad oggetti (Moose) nella comunità Perl si parla oggi di "Rinascimento" (o "Rinascita") del Perl e di "Modern Perl" per indicare un utilizzo più maturo della versione 5 del Perl.

C'è da dire che il Perl6 è ancora tutto da venire (c'è un'implementazione del linguaggio - "Rakudo Star" - che però non è ancora definitiva): si tratterebbe di un linguaggio moderno con moltissime caratteristiche.

Nel frattempo PHP, Java, Python (scelto da Google!), Ruby e nel mondo Microsoft (e non) C# e Asp.net offrono delle allettantissime alternative con ottimi supporti di moduli e framework. Quindi la competizione è alta e il contesto che ho descritto non aiuta il Perl.

Personalmente utilizzo ancora il Perl, perché è tra i linguaggi che più mi divertono, ma per lo più lo utilizzo quando si tratta di creare batch o programmazione testuale di vario tipo (anche se lo utilizzo ad oggetti, con Moose, e non in maniera procedurale).

Per il web preferisco il PHP, mentre per i programmi standalone il Java.
Ma è una questione tutta di gusti personali.

ciao!