ho risolto, non so il motivo, però era proprio come dicevo io
Avendo risolto inserendo l'indirizzo assoluto vuol dire che evidentemente l'inserimento css non era in grado di interpretare il percorso a causa dell'aggiunta.
La funzione include invece era in grado di farlo forse perchè si tratta proprio di una funzione php e quindi programmata appositamente...

ad ogni modo con l'indirizzo assoluto funziona, con il realtivo funzionano solo gli inserimenti include di php e non i link stylesheet