Non serve staccarlo fisicamente il disco linux mentre installi windows , da bios lo puoi disattivare , senza alcun bisogno di aprire l' unità centrale.
Al riavvio mantieni l' unità linux come prima unità di boot , riparti da ubuntu e da console dai il comando
sudo update-grub e ti riaggiorna il bootloader includendovi le direttive per il boot da windows

Al successiovo riavvio hai i tuoi 2 SO pronti nel bootloader e titalmente indipendenti.