la gestione di utenti, gruppi e permessi se la vuoi fatta bene (da un punto di vista di codice, pulizia, mantenibilità e sicurezza) è più complicata di quello che credi...

io sto sviluppando un modulo per un framework per fare quello in questi giorni e sono a 61 file :P

dovresti iniziare da qualche tutorial base di php che ti insegni per bene le basi, ne trovi su questo sito come su w3schools