prova a mettere i tuoi documenti in una directory che stia fuori dallo scope di Apache, in pratica fuori dalla cartella htdocs o www (dipende da come si chiama sulla tua installazione).

questo dovrebbe evitare che i file siano direttamente accessibili dal web: per recuperare i file fai un piccolo script che legge il documento, dall'estensione scopri quale tipo di file è, gli associ il giusto header e lo mostri a schermo o ne forzi il download

ovviamente lo script verificherà anche che l'utente abbia i permessi per accedere a quel file e che sia loggato correttamente al sistema