Bene, il problema l'ho risolto così:
Ho creato un file di configurazione chiamato server_address.conf e al suo interno ho scritto

server_address="indirizzo del server"

Poi questo file lo apro dentro il mio main e lo leggo tramite la classe Properties prima di creare il web service stub.
Dentro WebServiceStub ho creato un attributo serverAddress statico a cui assegno il valore letto dal file di configurazione.
Naturalmente questo file andrà messo al di fuori del jar altrimenti non è più un file di configurazione...

Grazie per gli spunti!