Io di solito faccio tutto con webmin che ha molti tools di import ed export sulle configurazioni, soprattutto per gli utenti, quello che non fa webmin lo faccio con un po' di copia e incolla da console sui files di configurazione.
I files di dati li copio brutalmente e poi rimetto a posto i permessi.

Copiare integralmente la /etc e la /var puo' essere dannoso e di solito impalla tutto a meno che le due macchine siano esattamente identiche.