Succede perchè usi una struct troppo grande.
Cioè nome è di 20 byte, quindi fscanf copierà 20 byte in nome, altri 20 byte in cognome e 2 byte in matricola.
fscanf fa una copia byte-byte, quindi dovresti magari riempire il resto dei byte con degli spazi fino ad arrivare a linee precise di 42 byte.