Hai fatto la domanda del nuovo secolo!
Cerco di spiegartelo brevemente.

CANVAS
1) Buon supporto tra i browser più importanti
2) La manipolazione dei pixel delle immagini più approfondito
3) Difficile gestire gli eventi
4) E' più performante (dell'SVG)
5) Difficile da usare se non usi librerie JavaScript apposite

SVG
1) Non sempre supportato da tutti i browser
2) Ottimo per manipolare immagini vettoriali
3) Gestione degli eventi semplice
4) Meno efficiente del CANVAS
5) E' possibile disegnare e gestire immagini complesse grazie anche a prodotti di larga diffusione (Adobe Illustrator CS5, ad esempio)

Spero di esserti stato d'aiuto