Per l'acquisizione del video da webcam, il tool "ufficiale" è JMF (Java Media Framework).... purtroppo è un framework datato e non ricordo nemmeno a quando risalga l'ultimo update. Nel frattempo hanno scritto tonnellate di roba in affiancamento/sostituzione di JMF... uno che sembra apprezzatoo è FMJ

http://fmj-sf.net/

per quanto riguarda il watermarking, se le librerie che andrai ad utilizzare consentono la manipolazione dei file frame a frame, si può sicuramente fare, anche senza che la libreria offra nativamente un metodo per farlo (qualcosa come .addWaterMark(Image img, Position p)

La protezione del video, prendila per utopia: se è internet allora è contenuto copiabile. Se vuoi rendere la cosa un po' più difficile, video in streaming (ma per lo streaming vero servono server dedicati che supportino i protocolli di streaming). Sul dove salvare il file, eviterei la soluzione BLOB nel database -a meno che tu non disponga di un database MOOOOOOOOLTO capiente e MOOOOOOOOOOLTO prestante- Per un server per streaming video, sarà la natura stessa del servizio a determinare la posizione in cui andare a salvare il file. Per soluzioni fai da te, qualsiasi cartella non accessibile dal browser andrà bene.