Beh... lo sfogliatore di pagine è in Flash, quindi questa è la categoria sbagliata.
Devi sentire in flash se è possibile migliorare lo script facendo in modo che funzioni pure con HTML.
Per quello che riguarda lo spezzettare i PDF sono convinto che esista una qualche softwarino bello e pronto per l'uso... magari pure free.

Comunque, se non ricordo male, quando si crea un PDF cdi dovrebbe essere una funzione particolare: mi sembra (ma potrei dire baggianate) che se crei una presentazione in PDF qualche effetto di scorrimento e transizione tra pagine si possa inserire senza ulteriori software.