Piano piano ci sto riuscendo...
Ora sono incastrato in un'altra cosa, cioè nel salvataggio di un file di configurazione all'interno di una servlet.
Mi spiego meglio:

codice:
public static void salvaConfUltimoBackup(String data, String orario){
	DATA_ULTIMO_BACKUP=data;
	ORA_ULTIMO_BACKUP=orario;
	Properties p=new Properties();
	try{
		p.load(SystemManager.class.getResourceAsStream("../../../conf/Sys.conf"));
		p.setProperty("dataUltimoBackup", SystemManager.DATA_ULTIMO_BACKUP);
		p.setProperty("oraUltimoBackup", SystemManager.ORA_ULTIMO_BACKUP);
		OutputStreamWriter os = new OutputStreamWriter(
                               SystemManager.class.getResource("../../../conf/Sys.conf")
                                .openConnection().getOutputStream());
		p.store(os, null);
	} catch(Exception e){
		e.printStackTrace();
		logger.fatal("Errore: forse il file di configurazione di sistema è stato spostato
                              oppure non esiste. Controllare il file di configurazione di sistema.");
	}
}
In pratica quando il tempo che ho settato scade il backup viene eseguito e poi dovrei salvare nel file di configurazione la data e l'ora in cui il backup è stato effettuato.
Quando vado a salvare (usando il codice che ho postato) ottengo la seguente eccezione:

java.net.UnknownServiceException: protocol doesn't support output
at java.net.URLConnection.getOutputStream(Unknown Source)
at server.utility.SystemManager.salvaConfUltimoBackup (SystemManager.java:228)
at server.utility.BackupAutomaticoServlet$BackupAutom aticoTask.run(BackupAutomaticoServlet.java:113)
at java.util.TimerThread.mainLoop(Unknown Source)
at java.util.TimerThread.run(Unknown Source)

Leggendo in giro credo di aver capito che una connessione ad una servlet non consente di usare un outputStrem a meno di non aprirlo in qualche modo prima.
Ho provato anche a salvare il file aprendo "a mano" un outputStrem (esattamente un FileOutputStream) ma neanchè così sono riuscito nell'intento (così però non viene generata l'eccezione di sopra ma tomcat ripubblica l'applicazione direttamente).
Quindi la domanda è: come posso aprire un outputStream in modo tale da salvare il file?