Intendi dire così:
codice:
...
bla bla bla
...

InputStream is=SystemManager.class.getResourceAsStream("../../../conf/Sys.conf");
p.load(is);
is.close();
p.setProperty("dataUltimoBackup", SystemManager.DATA_ULTIMO_BACKUP);
p.setProperty("oraUltimoBackup", SystemManager.ORA_ULTIMO_BACKUP);
File file=new File(path);    //path è il percorso al file da scrivere
FileOutputStream fos=new FileOutputStream(file);
p.store(fos, null);
fos.close();

...
Ci ho già provato (anche senza creare l'oggetto File) ma in questo caso ottengo un nullPointerException... vorrei solo dire che sono sicuro che non il path che specifico è quello giusto, infatti il file viene salvato ma poi Tomcat si riavvia.
Quindi anche l'eccezione nullPointerException mi è piuttosto difficile da comprendere...

Sono anche sicuro che il problema sia proprio il salvataggio del file perchè facendo delle prove commentando le righe FileOutputStream fos=... e fos.close() non ho errori e Tomcat continua l'esecuzione normalmente (ovviamente avendo commentato quelle righe il file non viene salvato!)...

Ho fatto anche delle prove con FileWriter o OutputStream piuttosto che FileOutputStream ma è sempre la stessa cosa...

Cosa può essere?