Il fatto che addirittura si riavvii il tomcat mi stupisce tantissimo. Io comunque comincerei con l'evirtare di usare "SystemManager.class.getResourceAsStream" per recuperare il path del file.Per il path usa una property nel file di configurazione o (se proprio devi) inettata come parameter alla servlet dal web.xml. Ma quel file Sys.conf non è che è un file di sistema di qualche tipo che non può essere toccato? Cioè se tu lavori su un altro file da gli stessi problemi? Fai un po di prove