scusa se te lo dico, la cosa peggiore che potevi fare era proprio modificare il plugin!! per di piu quando lo stesso plugin permette di passare dei parametri extra.

codice:
var regione = document.getElementById('regione');
var valRegione = regione.options[regione.selectedIndex].value
if(document.getElementById('fieldSuggest')) {
    $("#fieldSuggest").autoSuggest("php/php.query.comuni.php", {minChars: 2, matchCase: false, extraParams: "&myParam="+valRegione}); 
}