ok! ma è questo il problema?
Credo dipenda da quello.

Infatti in IE (tutte le versioni) con la DTD che usi (transitional) le dimensioni dipendono dal contenuto.
E se i font sono diversi anche le dimensioni delle tabelle sono diverse.

Definire il font in pt per lo schermo e` un errore di impostazione logica, e va quindi corretto.

Ma per avere risultati congruenti nei vari browser dovresti comunque cambiare DTD:
- passa a XHTML 1.0 Strict, se vuoi compatibilita` anche con IE6/7;
- puoi pensare di usare HTML5 se vuoi proiettarti verso il futuro e non hai problemi con i browser piu` vecchi.