Se vuoi proprio la comodità, allora sparati un IDE tipo Netbeans con tutto il neccessario per sviluppare web applications (Java, Apache Tomcat o Glassfish,...)....
Tornando al tuo problema, non riesco a capire dove ci sta il problema. Escludo problemi di permessi di scrittura/lettura anche perche tu dici che riesci a copiare file dal esterno ma non riesci a creare direttamente. Secondo me il problema dovrebbe essere una cavolata che ti sfugge.
Cmq il mio consiglio e' di usare un IDE.

Ciao