è comunque un form, quindi o lo invii tramite ajax o lo invii regolarmente.

se una checkbox non è checkata non viene proprio inviata, quindi in realtà non hai bisogno di fare controlli a riguardo.

dopo di che ti basta fare un delete usando un where in, il cui valore puoi ottenere più velocemente facendo sì che le checkbox sono in realtà tutte parti di uno stesso array e facendo poi un semplicissimo implode