Ahhh... E' logico che non ti funziona.
Se li metti in php con la RewriteBase in / il Rewrite codizionerà pure il locale.php.
Prova a mettere questo codice:

HTACCESS:

RewriteEngine On
RewriteRule ^links/(.*)\.php$ /locale.php?link=$1 [L]

PHP:

<a href=\"/links/{$row[link]}.php\">{$row[nome]}</a>


Non l'ho provato ma in teoria dovrebbe funzionare.