Devi aggiungere sempre nel file template.css questa nuova regola:

ul.menu li#current.active {
color: #000066;
}

in questo modo il colore verrà applicato solo agli elementi selezionati.

Per quanto riguarda il secondo punto nopn è consigliabile a livello estetico mettere colori diversi, comunque se proprio vuoi devi mettere la regola:
#mainlevel-nav a:hover {
color: green;
}

C i a o o o