Ecco il metodo SaveAs per salvare con nome:
codice:
public void saveAs(){
    	JFileChooser chooser = new JFileChooser();
    	int returnVal = chooser.showSaveDialog (getFrame());
    	File f=null;
    	if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION){
    	    f = chooser.getSelectedFile ();
    	    WriteFile wf;
    	    getPathName(f);
    	    System.out.println(pathSaved + ":" + nameSaved);
    	    try {
    	    	wf = new WriteFile(pathSaved,panel);
    	    	wf.writeFile();
    	    	isSaved=true;
    	    	frame.setTitle("Logic Ports - " + nameSaved);
    	    	isFirstSave=false;
    	    } catch (ParserConfigurationException e) {
    	    	e.printStackTrace();
    	    } catch (IOException e) {
    	    	e.printStackTrace();
    	    }  
    	}
All'incirca lo stesso codice viene eseguito per l'apertura del file e per l'esportazione.
Sai indicarmi come inserire il codice che hai scritto tu? Dato che non ho nessun .class (si tratta di un progetto formato da diversi package e molte classi).
Il .jar si chiama LogicPorts