Allora per il caricamento file con il cambio del nome
//caricamento file
$upload_dir = "file";
$file = $_FILES["file"]["name"];
$file = $nome;
$path = ($file) ? $file : $_FILES["file"]["name"];
//percorso di caricamento
$path= $upload_dir.'/'.$path;
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], ".$path");
e infine devi fare la query
$query_modifica=("UPDATE negozio SET ragione='".$_POST['ragione']."', cap='".$_POST['cap']."', planimetria='".$path."' where id='".$prodotto."' ");
e ti consiglierei di caricare direttamente il percorso del file così da linkarlo direttamente.
Il codice è scritto a volo lo devi verificare...
Fammi sapere