Crea un div appena dopo il tag body:
Codice PHP:
<div id="win">contenuto finestra sovrapposta</div> 
E setta questo stile:
Codice PHP:
#win
{
    position:fixed;
    left: 0; /* coordinata sinistra */
    top: 0; /* coordinata destra  */
    width: 100px; /* larghezza */
    height: 100px; /* altezza */
    display: none;
} 
Fatto questo ti serve una funzione js per settare il tempo nella quale apparira la finestra (5 sec.):
Codice PHP:
<body onload="var t = setTimeout(\"document.getElementById('win').style.display = 'block';\",5000);">