A dispetto del tuo nome, sei stato decisamente poco chiaro.

Cosa c'entra un dizionario con un database? Usi LINQ to Entities? Cosa intendi per multiselect (una listbox, più checkbox, delle datagridview, altro)? Come devono essere inserite nel database queste opzioni? Quali sono le tabelle in questione? E se non tabelle, quali sono le classi?
"è preferibile ciclare la multiselect e man mano inserire oppure buttare tutto dentro ad un dizionario e infine inserire?"
Inserire cosa e dove?