Ti devi installare (e configurare) i driver ODBC per il collegamento della tua macchina (che fa da server web) all'AS400.
Dopo usi le funzioni ODBC di php per il collegamento al DB di AS400, per esempio odbc_connect() e odbc_fetch_object()
Occhio solo che nelle query, quando scrivi il FROM, devi usare la sintassi LIBRERIA.FILE anzichè LIBRERIA/FILE che normalmente useresti sull'AS400.