esatto, hai compreso bene.
Ho un programma java che lancio con il task java che al suo interno con Runtime.exec lancia un processo nativo.

Il programma java non posso modificarlo, così è e così resta (altrimenti dicevo al programma java di cercarsi lui il path e di settarselo), anche perché sono 2 le cose che setto, PATH e LD_LIBRARY_PATH