il problema non è il doctype, quanto la sua mancanza. (a tal proposito, prediligi una dtd strict)
se con il doctype hai problemi, significa che c'è qualcosa che non va nel tuo codice (html o css che sia).
La tua discussione manca di info fondamentali, tra cui la segnalazione del browser su cui noti la differenza.
Su tutti i browser hai gli stessi risultati in entrambi i casi?

Il doctype non è un elemento opzionale, quanto fondamentale poiché indica al browser a quali specifiche di linguaggio deve fare riferimento.
Quindi, il passo successivo dovrebbe essere quello di creare un codice valido e corretto ottimizzato per i browser standard-compliant (e se lo fai bene, vedrai che firefox, opera, chrome, safari ... ti daranno [salvo casi particolari] sempre lo stesso risultato). Infine, passi a Explorer, che è noto faccia un po' come gli pare, ma è ben gestibile attraverso i commenti condizionali.