Questa:

Ho un sito già funzionante, con una index page già complessa e piena di Javascript, ma voglio aggiungere una pagina d'introduzione. La pagina intro dovrebbe solo essere un logo su sfondo nero (con un certo grado di opacity che fa intravedere il sito sottostante) e dovrebbe sfumare e scomparire (dopo qualche secondo o cliccando sul logo) per far comparire il vero sito in tutte le sue funzionalità.
e questa:

ho creato una pagina www.nelpaesedelvino.com/intro.htm
che al click dovrebbe far comparire il sito www.nelpaesedelvino.com
Non so come infilare il codice della prima nella seconda, una sorta di onclick > index.htm
Son 2 cose ben differenti, se vuoi realizzare la prima non devi creare 2 pagine ma una sola. Dove al suo interno ci sarà un div con il logo. Si chiamano finestre modali.

codice:
<body>
  <div>
    contenuto del sito
  </div>
  <div>
      

contenuto della finestra modale</p>
  </div>
</body>