Ciao.
Innanzitutto Java ha un forum dedicato.
Non esistono, che io sappia, librerie per convertire da MatLab a Java (potrei sbagliarmi, ma non ne vedo l'attinenza).

Per quanto riguarda l'intero quesito, ci sono alcune cose da considerare:

1) Dato che, quasi certamente, dovrai fare tutto a mano, ti conviene prima studiare il linguaggio Java (se già non lo conosci)

2) L'ambiente di sviluppo è una scelta puramente soggettiva: chiaramente, ambienti come NetBeans o Eclipse sono rivolti a chi già possiede competenze solide di programmazione con Java. E sì, è necessario creare un progetto... gli ambienti di sviluppo funzionano a progetti.

Intanto sposto nel forum Java.


Ciao.