Se non ricordo male thickbox è un js che attiva un nuovo layer con z-index maggiore rispetto al sito. Il plugin del flash player però non accetta questo sistema e viene sempre visualizzato sopra agli altri elementi, coprendoli. L'unica alternativa per il tuo caso è quella di sfruttare le API di Google per caricare la mappa direttamente su di un clip nel tuo filmato.