Io a volte faccio una roba del genere: nella pagina php metto

Codice PHP:
<script type="text/javascript">

var PARAMS = {
  a: <?=$a?>,
  b: <?=$b?>
};

</script>
<script type="text/javascript" src="scriptesterno.js"></script>
In scriptesterno.js potrai dunque usare PARAMS.a e PARAMS.b quando il DOM è ready.