Se non hai apportato modifiche al codice delle pagine php di virtuemart forse dipende dai css, hai provato ad utilizzare la web developer bar di firefox ed individuare così le classi css assegnate al carrello?
Io ho fatto delle personalizzazioni e capisco quanto sia facile creare casini nella visualizzazione, è successo anche a me.
Hai provato a cambiare il layout rimettendo quello di default di virtuemart?